近年来，跨行政区域的流域污染纠纷时有发生。其根源在于流域上下游之间环保责任的不对等，容易出现上游排污，下游“买单”的现象，如何破解跨行政区域的流域环境问题，成为了多年来一直在探索的难题。
2005年开始，浙江逐步推进生态补偿试点，随后，江苏、安徽等多省份也在逐步探索生态补偿制度。2011年，财政部、环保部在新安江流域启动了全国首个跨省流域生态补偿机制试点，试点期3年。试点之后，新安江的水质连年达标，取得显著的成效。
据媒体报道，新安江流域治理涉及安徽和浙江两省，安徽黄山市是新安江流域上游的水源涵养区，浙江省杭州市是流域下游的受益区。按照流域补偿方案约定，只要安徽出境水质达标，浙江每年补偿安徽1亿元。
按照成熟一批，推进一批的原则，自2011年以来，包括新安江流域在内，我国已开展九洲江、汀江—韩江、东江、滦河、渭河流域等六大河流的生态补偿机制。细细研究这六大河流补偿方案，方案细则不尽相同，略有差别，下文一一道来：
九洲江流域：投入累积超15亿元 两广联手治理显成效
九洲江跨越粤、桂两省区，是广西的玉林市（陆川、博白两县）和广东的湛江市主要饮用水水源，九洲江流域的水环境安全，关系到九洲江流域人民群众的饮水安全和粤、桂经济社会协调发展大局。粤、桂两省区联手治理九洲江是两省区党委政府主要领导达成的共识。
2016年3月21日，广西壮族自治区政府与广东省政府签署了《九洲江流域水环境补偿的协议》。根据《补偿协议》约定，协议有效期为2015-2017年，治理期间广西、广东两省各出资3亿元，共同设立九洲江流域生态补偿资金。此外，中央根据年度考核结果，完成协议约定的污染治理目标任务，将获得9亿元的专项资金支持。至此，九洲江流域合作治理资金投入累计超过15亿元。
在中央的支持及粤桂两省区的努力下，九洲江流域工业点源和县城生活污染源得到较好控制，初步探索出规模化畜禽养殖污染减负模式，饮用水源保护区的非法抽砂、违法养殖、围库造塘等问题得到不同程度的治理，一定程度上遏制了流域水质恶化的趋势。
汀江—韩江流域：双向补偿，已获中央财政5.99亿元补助
发源于闽西的汀江全长300多公里，是福建省第四大河流，也是福建流入广东的最大河流。而韩江是粤东地区第一大河流，担负汕头、梅州、潮州和揭阳市1000多万人生产、生活供水的重任，因此上游汀江水质直接关系到下游1000多万人的用水安全。
为更好保护水环境，2016年3月，福建省与广东签署汀江-韩江流域水环境补偿协议。按照规定，广东、福建共同出资设立2016~2017年汀江—韩江流域水环境补偿资金，资金额度为4亿元，两省每年各出资1亿元。同时，中央财政将依据考核目标完成情况确定奖励资金，并拨付给流域上游省份，专项用于汀江—韩江流域水污染防治工作。
东江流域：两省每年各出资1亿元，中央财政补贴拨付上游
2016年4月，国务院印发《关于健全生态保护补偿机制的意见》，明确在江西——广东东江开展跨流域生态保护补偿试点。同年的10月，江西、广东两省人民政府签署了《东江流域上下游横向生态补偿协议》。明确了东江流域上下游横向生态补偿期限暂定三年。跨界断面水质年均值达到ⅲ类标准水质达标率并逐年改善。
滦河流域：以国土江河综合整治予以资金支持
滦河，发源于河北省丰宁县，流经沽源县、多伦县、隆化县、滦平县、承德县、宽城满族自治县、迁西县、迁安县、卢龙县、滦县、昌黎县、在乐亭县南兜网铺注入渤海。全长877公里。
滦河流域试点共涉及三省一市、共9个地市。其中水土环境污染防治项目共73个，投资35.38亿元;河湖生态保护与修复项目共65个，投资32.74亿元；统一水质、生态监测、监管、应急平台项目1个，投资2.5亿元。
渭河流域：参照新安江流域方案，建立中央补助 跨省补偿机制
2011年，作为生态补偿方面的探索尝试，陕、甘两省沿渭6市1区签订了《渭河流域环境保护城市联盟框架协议》，陕西省向渭河上游的甘肃天水、定西两市分别提供300万元渭河上游水质保护生态补偿资金，用于上游污染治理、水源地生态保护和水质监测等。